L’ENSC a succédé à l'Institut de Cognitique (IdC). Cet institut de l’Université Victor Segalen Bordeaux 2 a été créé par le décret 2003-280 du 20 août 2003 (NOR/MEN-S-0301694D).

L'IdC a été transféré à l’INstitut Polytechnique de Bordeaux (Bordeaux INP) le 1er avril 2009, par le décret 2009-329 du 25 mars 2009  (NOR/ESRS0827211D), puis transformé sous forme d’école interne par arrêté du 23 juin 2009 (NOR/ESRS0900290A). Celle-là a pris le nom d'Ecole Nationale Supérieure de Cognitique (ENSC).

L’ENSC a été transférée physiquement sur le campus scientifique de Talence en 2013 ; l’inauguration officielle de ses nouveau bâtiments s’est déroulée le 6 octobre 2014.

Depuis, située à proximité immédiate des grands laboratoire IMB (mathématiques), IMS (électronique, productique, cognitique …) et LaBRI (informatique), elle contribue au développement et à la réputation internationale du centre des technologies de l’information du Campus d’excellence de Bordeaux.